В соответствии с Федеральным законом от 30.11.2016 N 401-ФЗ "О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации" надо будет восстанавливать НДС с субсидии на возмещение затрат по оплате товаров, работ или услуг, независимо от того, из какого бюджета она получена. В размер субсидии включается налог.

Сейчас нужно восстанавливать ранее принятый к вычету НДС, когда на возмещение затрат по оплате товаров, работ или услуг получена субсидия из федерального бюджета. При выделении средств из региональных и местных бюджетов это положение не применяется. Такие разъяснения неоднократно давал Минфин. Этой точки зрения придерживались также ВС РФ и ФНС.

Федеральный закон от 30.11.2016 N 401-ФЗ "О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации"; (Скачать)